Os republicanos da geração de 48 não desejavam cortar ligações com o Cristianismo. Todavia, a Igreja Católica lançou-se nos ataques contra todos os ideais que o Republicanismo defendia, colocando-se do lado conservador. Os republicanos chegam, então, a um ponto de consenso: expulsar Deus da constituição, pois o homem católico não é racional e não tem uma mentalidade crítica. Só o homem laico poderia considerar os ideais que vieram de França: Liberdade, Igualdade e Fraternidade. O programa laico dos republicanos pretendia romper a ligação religiosa à política, sem, contudo, deixar, por algum momento, de respeitá-la, enquanto religião predominante no país.

A lei da Separação do Estado e da Igreja surgiu a 20 de Abril de 1811, e reivindicava que a religião Católica deixava de ser a religião oficial do Estado, passando este a ser um Estado laico, aberto a todas as religiões desde que estas não ofendessem a moral pública. Esta lei defendia ainda a proibição de emblemas religiosos em lugares públicos, excepto nos lugares destinados à prática da religião. Esta lei foi o culminar da promulgação de outras leis, que foram, ao longo do tempo, ao encontro do intento laicizador do Estado. Destas destacam-se: a 19 de Outubro de 1910, abolição dos juramentos religiosos, a 19 de Novembro, a extinção da Faculdade de Teologia, a 25 de Dezembro, o reconhecimento do divórcio, a 18 de Fevereiro de 1911, expulsão das ordens religiosas e introdução do registo civil obrigatório e a 29 de Março do mesmo ano, imposição da aconfessionalidade do ensino.

Como era de se esperar de um país fortemente católico, o projecto laicizador encontrou forte oposição. As leis anteriormente descritas levaram mesmo à intervenção do Papa Pio X, a 24 de Maio. Os primeiros anos do regime republicano foram marcados por uma intensa guerra religiosa, deixando cair por terra a afirmação de Afonso Costa, que defendia que Portugal estava preparado para a laicização da sociedade.

Da religião cristã também se afastou o ensino. Após alguns dias da revolução, a 22 de Outubro de 1910, foi proibido o ensino da doutrina cristã nas escolas primárias. Também as Universidades foram alvo de um processo de laicização. Assim, os alunos viram suprimir os juramentos a que estavam sujeitos. O uso da batina e da capa passou a ser, a partir deste momento, de uso facultativo.