Toda a atividade da Administração Fiscal deve subordinar-se ao interesse público que, relativamente ao sistema fiscal, consiste, em primeira linha, na obtenção de receitas para a satisfação das necessidades financeiras do Estado e outras entidades.

Nos termos do art.º 266 da Constituição da República Portuguesa esta atividade da Administração Fiscal tem de respeitar os direitos e interesses legítimos dos cidadãos (Principio da Legalidade) e os princípios da igualdade, da proporcionalidade, da justiça da imparcialidade, da boa-fé, Participação e Colaboração.

No que concerne ao Princípio da Boa-Fé, e nos termos do n.º 2 do Art.º 59 da Lei Geral Tributária (LGT), prevê-se que a atuação dos contribuintes e da Administração tributária seja de boa-fé, onde deve ser ponderada a confiança suscitada na contraparte pela actuação em causa.
Esta exigência de carácter ético impõe aos intervenientes no procedimento tributário que actuem com lealdade e sinceridade. Na boa fé, devem de ser ponderados os valores fundamentais do direito, relevantes em face das situações consideradas e, em especial, a confiança suscitada na outra parte.

O princípio da Participação, e nos termos do n.º1 do Art.º 59 da LGT a Administração Fiscal e os contribuintes estão sujeitos a um dever de colaboração recíproco, em que o meio adequado na formação das decisões da Administração fiscal que lhes digam respeito é o direito de audição, sendo este uma mera faculdade do contribuinte.

Na esteira do Principio da Colaboração, esta deve ser adequada e proporcional aos objectivos a atingir. Sendo certo que, a inobservância do dever de colaboração dos particulares pode suscitar a aplicação de coimas e sanções acessórias nos casos previstos na lei e, quando inviabilize o apuramento da matéria tributável real, a aplicação de métodos indiretos, nos termos do Art.º 88 da LGT.

Existem ainda dois princípios não referidos, sendo eles o Principio da Celeridade Processual, que está associado ao da desburocratizarão e eficiência previstos no art.º 10 do Código do Procedimento Administrativo, e que vem essencialmente assegurado pela sujeição do procedimento ao prazo de conclusão previsto no Art.º 57, revestindo um verdadeiro dever da Administração Fiscal que se aplica, não apenas aos procedimentos da sua iniciativa, como da iniciativa do contribuinte.

E o Principio do Inquisitório que anda de mãos dadas com o Principio da Verdade Material, que se justifica pela obrigação de prossecução do interesse público imposta à actividade da Administração Fiscal.

E em que, na esteira do dever de imparcialidade, a Administração Fiscal deve trazer ao procedimento todas as provas relativas à situação fáctica em que vai assentar a decisão. Dito de outro modo, a Administração Fiscal, na instrução dos procedimentos administrativos possui uma larga margem de iniciativa, podendo proceder oficiosamente a diligências tendentes à verificação e comprovação dos factos alegados pelo interessado.