José Malhoa nasceu na Travessa de S. Sebastião na cidade de Caldas da Rainha, a 28 de Abril de 1855 é filho de Joaquim Malhoa e de Ana Clemência. Foi baptizado a 15 de Maio do ano do seu nascimento, na igreja de Nossa Senhora do Pópulo na mesma cidade. Com apenas 8 anos foi para Lisboa onde o seu irmão mais velho Joaquim Malhoa já tinha aberto uma loja de confecções na rua Nova do Almada, tendo ido estudar para a Escola Académica.

Em Outubro do ano de 1867, com apenas 12 anos entrou para a oficina do entalhador Leandro de Sousa Braga que ao aperceber-se das suas capacidades o aconselhou a inscrever-se na Real Academia de Belas-Artes de Lisboa. Foi aluno dessa mesma instituição durante três anos (de 1867 a 1870) no curso inicial focado no ensino do desenho. Frequentou disciplinas de desenho histórico, desenho antigo, e mais tarde aulas de pintura de paisagem e de desenho de modelo ao vivo com Miguel Ângelo Lupi, referências que foram importantes para a estética que viria a desenvolver como artista.

Candidatou-se a bolseiro do Estado no estrangeiro, embora não se saibam as datas concretas, e as mesmas foram consequentemente rejeitadas por diferentes motivos. Mais tarde, em 1875 até ao ano de 1881, foi empregado na loja do seu irmão Joaquim, até a Seara Invadida ter merecido a atenção dos críticos e ter sido criticado pela senhora Margiochi por «ser pintor de tanto talento e insistindo em ser um caixeiro que lhe escangalhava ao chapéus» facto que fez com que José Malhoa se voltasse para a pintura.

Casou-se com Juliana Júlia de Carvalho no ano de 1880, após o qual Malhoa começou a ter uma presença mais assídua na vida artística de Lisboa. Participou na 12.ª Exposição da Sociedade Promotora das Belas-Artes em Portugal, sendo esta a sua primeira presença documentada. Este salão acolheu naquela altura uma exposição onde houve a presença de artistas jovens com uma nova visão artística em Portugal, o Naturalismo. A propósito desta mesma exposição um crítico escreveu:
«[…]todo o bando de desistentes apareceu, firmando numa pequena sala interior, com as suas telas, o protesto oficial contra os outros; e fazia uma impressão estranha no público, essa salinha de pequenos quadros sem linhas, sem sombras nítidas, sem arranjo […] Que era aquilo? Que queria aquilo dizer? Pois ao lado da transfiguração copiada de Raphael pelo decano Fonseca, ao lado do Pescador e do Guerreiro do Sr. Resende, ao lado do Beijo de Judas do Sr. Lupi […] vinham admitir aquelas decorações de sala de jantar?» (Valentim Demónio, Diário de Portugal, 20.12.1881).

Neste grupo chamado de desistentes por Valentim Demónio incluía-se Silva Porto recém regressado de Paris e que trouxe consigo a novidade da pintura de ar livre. Aos 26 anos participou naquela que foi a mais importante mudança no pensamento artístico português do século XIX.

José Malhoa fez parte do Grupo do Leão, designação que se deve ao local onde o grupo se reunia, a Cervejaria Leão de Ouro, na Rua do Príncipe, em Lisboa. Esteve presente em todas as Exposições de Quadros Modernos e na Tertúlia do grupo de Leão, representado por Columbano Bordalo Pinheiro num grande retrato de grupo no ano de 1885, intitulado o Grupo de Leão. Neste mesmo quadro é possível ver José Malhoa em primeiro plano de perfil com Silva Porto à sua direita e com o qual parece que está conversando energicamente. Malhoa tem 30 anos aquando desta representação, uma pose de afeição e de confiança fumando o seu cigarro, mostrando uma atitude de simplicidade e de bem com a vida.

Cerca de 1883 estabelece morada em Figueiró dos Vinhos, por indicação do escultor Simões de Almeida, o que vai influenciar a sua pintura de paisagem e costumes populares. Localidade essa onde mais tarde constrói casa. Muitas das suas obras tiveram como modelo aqueles campos e aquelas gentes que o rodearam.

A aceitação social do pintor torna-se evidente logo no ano de 1881 com as encomendas públicas que recebeu, como A fama Coroando Euterpe, decoração para o tecto da sala de exames do Real Conservatório requerida por Eugénio Cotrim, e A Lei para o Supremo Tribunal de Justiça de Lisboa. Nesta mesma altura o pintor começa a desenvolver uma outra área de pintura, o Retrato a pedido inicial de Carlos Relvas.

«O Sr. Malhoa tem todas as qualidades de um artista. É sobretudo um colorista e, como tal, um dos melhores da nossa actual geração. Mas até aqui tem andado transviado. O que é necessário […] é que se deixe de bonitos e de efeitos procurados. A originalidade e o estilo não se conseguem procurando-os, mas simplesmente sendo sincero, pintando […] exactamente o que se vê» (Abel Acácio, Diário Popular, 7.2.1884) Esta observação pode caracterizar o período que o pintor passava, onde o mesmo procurava a sua linguagem e afirmação. Através das Exposições da Sociedade Promotora das Belas-Artes com as Exposições de Quadros Modernos consegui firmar a sua posição junto do público.

Contudo as obras de Malhoa não são consensuais e pelo que é acusado de excessiva multiplicidade de registos. Todavia o tempo vem provar que estas divergências não têm razão. No ano de 1897 José Malhoa envia pela primeira vez ao Salão da Sociedade dos Artistas Franceses e até ao ano de 1907 descreve a sua época de glorificação como o «mais nacional de todos os pintores portugueses, aquele que menos se deixou influir pelas imitações do estrangeiro, e que melhor interpreta o sentimento da nossa boa terra cantante e luminosa» (A Comédia, 2.6.1902).

José Malhoa foi distinguido por diversas vezes em Portugal e no Estrangeiro. Foi pintor do quotidiano popular, de quadros de costumes, paisagens e retratos. O ano de 1897 foi o ano em que José Malhoa foi consagrado como artista pelo seu trabalho.

Ainda em vida José Malhoa viu a glorificação definitiva da sua obra, a 9 de Maio de 1933 é obtido o parecer favorável do Conselho Superior de Belas-Artes para a criação do museu em sua homenagem. Pouco tempo depois faleceu em Figueiró dos Vinhos a 26 de Outubro. Foi sepultado no cemitério dos Prazeres onde o esperava a sua esposa. Um grupo de amigos, António Montês, José Filipe Rodrigues, Joaquim Agostinho Fernandes e José Augusto de Sousa reúnem-se em Lisboa e decidem a inauguração do museu para o dia do aniversário do artista, 28 de Abril de 1934, instalado então provisoriamente na Casa dos Barcos do Parque D. Carlos I, nas Caldas da Rainha, onde fica situado o Museu José Malhoa.