Filho de D. João IV e de D. Luísa de Gusmão, D. Pedro II nasceu a 26 de Abril de 1648, em Lisboa. Foi o último filho do casal, e, como tal, tudo fazia prever que nunca chegaria a rei. Contudo, com a morte do príncipe D. Teodósio em 1653, e com a deficiência perturbadora do irmão D. Afonso, coube a D. Pedro afirmar Portugal face à superioridade espanhola em território português durante 60 anos.

D. Afonso VI só governou de 1662 a 1667, dando lugar ao seu irmão, D. Pedro II, que também ficou com a sua mulher, D. Maria Francisca Isabel de Sabóia (filha de Carlos de Sabóia e de Isabel de Nemours), casando-se com esta a 28 de Março de 1668. Com a morte do seu irmão, a 12 de Setembro de 1683, D. Pedro foi aclamado rei. Deste primeiro casamento, teve apenas uma filha, Isabel Luísa Josefa, de saúde frágil.

Volta, novamente, a casar, a 22 de Maio de de 1687, com D. Maria Sofia Isabel de Neuburgo, filha de Filipe Guilherme, duque de Baviera-Neuburgo, e de Isabel Amália Madalena de Hesse-Darmstadt. Chegou a Portugal a 11 de Setembro do mesmo ano. Deste casamento, D. Pedro II assegurou, decididamente, a sua descendência com sete filhos: D. João que morreu 18 dias depois do nascimento, D. João, futuro D. João V, D. Francisco, D. António, D. Teresa, D. Manuel e D. Francisca. Pelo caminho, ainda teve três filhos bastardos: D. Luísa (Maria da Cruz Mascarenhas), D. Miguel (filho da sua amante preferida, D. Ana Armanda du Vergé) e D. José (filho de D. Francisca Clara da Silva). Das relações extraconjugais do marido, D. Maria Sofia não gostava nada, chegando mesmo a queixar-se à sua família em cartas. O rei apanhou, inclusive, doenças infecciosas das suas amantes, o que não ajudou a situação do casal.

D. Maria Sofia faleceu a 4 de Agosto de 1699, vítima de uma doença infecciosa para uns, e de uma erisipela para outros (infecção cutânea). D. Pedro II faleceu a 9 de Dezembro de 1706, em Lisboa, deixando o trono ao seu descendente, rei absoluto por excelência, D. João V.