A Igreja do Convento de Jesus de Setúbal situa-se tal como o próprio nome indica em Setúbal, região de Lisboa, e é considerado como o primeiro edifício associado ao estilo designado como manuelino em Portugal. Está classificado como Monumento Nacional. Conhecido como convento, este era um edifício pertencente às monjas franciscanas capuchas e “segundo os anais da ordem, deva designar-se por mosteiro, pois convento é casa de frades”.

No Convento funciona hoje como Museu de Setúbal e hospeda diferentes núcleos como a “Casa Bocage”, “Casa do Corpo Santo / Museu do Barroco” e o “Museu Sebastião da Gama”, apresentando colecções na área da arte, história, arqueologia, numismática e arte contemporânea.

A fundadora deste mosteiro foi D. Justa Rodrigues Pereira, ama do último filho de D. Fernando. Sabe-se que teve duas irmãs, Isabel Rodrigues e Beatriz Rodrigues, e um irmão, Nuno Cardoso Pereira. O irmão de Justa Rodrigues era criado de D. Fernando, pelo que se julga que foi através dele que Justa se tornou ama de D. Manuel. D. Fernando foi Grão-mestre da Ordem de Santiago e pai de D. Manuel que viria a ser Rei de Portugal.

A construção do mosteiro de Jesus de Setúbal denota a importância nas funções que desempenhava e a influência que a mesma exercia para estes nobres. À época apenas as ordens religiosas e os reis ou grandes fidalgos se podiam propor à construção de um mosteiro. O facto de ser uma mulher e não ter em seu poder qualquer título de nobreza demonstra sobretudo uma postura arrojada.

D. Justa decidiu erguer, um mosteiro de freiras franciscanas capuchas.

A mentalidade da época evocava uma necessidade extrema da salvação após a morte, Justa Rodrigues iria com a construção deste edifício conseguir a salvação da sua alma, através da comunidade religiosa que oraria pela sua fundadora. Ao mesmo tempo que criava condições para o salvamento da sua alma, criou também um panteão, em 1505 é-lhe concedida uma autorização papal para que a capela sob o altar-mor (já edificada) fosse destinada a panteão do seu filho mais velho e descendentes e para a construção de uma outra capela sobre o coro da comunidade destinada ao seu segundo filho.

Na casa do capítulo D. Justa Rodrigues colocou o corpo de sua mãe, prioresa do mosteiro de Abrantes, onde fora inicialmente sepultada, ela própria ficara sepultada na mesma campa rasa.
Segundo José Vieira da Silva existiram “diversos factores” para a construção do mosteiro em Setúbal, “em primeiro lugar, o conhecimento de Setúbal, onde várias vezes teria Justa permanecido, acompanhando as deslocações do infante D. Fernando, mestre da ordem de Santiago de Espada, a quem esta vila pertencia.

Existindo nela apenas um convento masculino, e por sinal de franciscanos, parecia local certo, como segunda razão, para a existência de uma casa religiosa que teria de viver de esmolas dos fiéis, outro factor terá sido, sem dúvida, a proximidade de Lisboa, o que significava o acesso rápido ao rei e à corte, para obtenção de rendas permanentes que garantissem a subsistência do convento.

Finalmente, uma razão mais terá de ser aduzida: Setúbal encontrava-se ao longo do século XV, em fase de desenvolvimento, pela importância decisiva que a abundância de pescado e a excelência do sal proporcionavam a uma sociedade mergulhada em plena época dos Descobrimentos.
D. Justa também poderá ter optado pela edificação deste mosteiro em Setúbal por já ser dona de um terreno oferecido por D. Fernando. Este era um terreno situado fora das muralhas, de reduzidas dimensões pelo que Justa adquiriu um terreno à Confraria de Nossa Senhora da Anunciada.

Para conseguir o foro das terras Justa Rodrigues teve que pedir o apoio da rainha D. Leonor. Mais tarde através de ofertas, o património do mosteiro vai crescendo. O cirurgião-mor do reino mestre Gil e D. Jorge fizeram ofertas de terrenos ao mosteiro. Um dos terrenos, oferecido por D. Jorge mestre de Santiago, passou a integrar o adro, onde mandou colocar um cruzeiro.

D. Justa faleceu no ano de 1514 muito antes da conclusão da obra. A construção do mosteiro foi de longa duração, tendo sido terminado apenas no reinado de D. João III, com verbas que D. Manuel deixou em testamento.

O mosteiro foi transformado no Museu de Setúbal, nele é possível observar as inúmeras peças que pertencem ao mesmo.